Sclerocactus nyensis montre habituellement une tige globulaire à courte cylindrique de 4 à 8 cm de diamètre et 5 à 12 cm de hauteur, de couleur vert sombre. Les épines, au nombre total le plus souvent de 15 par aréole, mais pouvant aller jusqu’à près de 20, masquent très efficacement la tige. 
Les épines centrales, au nombre de 6 à 8 par aréole, comptent 3 à 5 épines pointées vers le bas de la tige ne dépassant pas 6 cm de long, avec pointe en hameçon, et 1 à 2 épines pointées vers l’apex, blanches à pointe droite, longues jusqu’à 4,5 cm, et de section plate large de 1,5 à 2 mm. S. nyensis présente, selon les populations, des différences morphologiques qui la rapprochent de S. spinosior ssp. spinosior ou parfois de S. pubispinus. Elle diffère toujours cependant de ces espèces par un nombre plus élevé d’épines centrales (6-8).
Les épines radiales, au nombre également de 6 à 8 par aréole, blanches et droites, mesurent 1 à 2 cm de long. Les fleurs diurnes, apicales, de forme campanulée, sont de couleur rose-pourpre à magenta. Les fruits ovoïdes, qui ne dépassent pas 2 cm de long, sont de couleur verte ou rouge pâle pour devenir ocre à maturité et irrégulièrement déhiscents à leur base. Dans son habitat, la floraison de S. nyensis intervient au mois de mai.
Pour une description pluscomplète et technique, on pourra se rendre sur le site de Flora of North America.
